Ғылыми кеңестің құзыреттілігіне университеттің стратегиясы мен даму тұжырымдамасын анықтау, AITU құрылымын бекіту, оқу және ғылыми құрылымдарын құру немесе қайта ұйымдастыру, ректордың, проректорлар мен құрылымдық бөлімдер басшыларының қызметті жүргізу нысандары мен әдістері туралы есептерін тыңдау, монография, оқулықтар мен оқу құралдарын басылымға ұсыну, магистранттардың диссертациялық зерттеулері тақырыптары мен ғылыми жетекші-кеңесшілерін бекіту, ғылыми атақтарды беруге ұсыну, ректордың грантын, атаулы шәкіртақылар мен сыйақыларды бекіту және тағайындау, AITU ағымдағы қызметінің алқалық шешімді талап ететін басқа да мәселелерін қарау жатады.

Ғылыми кеңестің қабылдайтын шешімдері негізінен AITU құрылымдық бөлімдерінің оқу-тәрбие, ғылыми-зерттеу және қаржылық-шаруашылық қызметі бойынша мәселелерге қатысты.

Ғылыми кеңестің құрылымы AITU ректорының бұйрығымен бекітіледі және тақ санды мүшелерден тұрады. Оның құрамына ректор, проректорлар, декан, құрылымдық бөлімдердің басшылары, университетті халықаралық және республикалық деңгейде дамытуға елеулі үлес қосқан профессорлық -оқытушылық құрам және білім алушылар кіреді. Ғылыми кеңестің төрағасы – ректор, төрағаның орынбасары бірінші проректор.

Ғылыми кеңес өз жұмысын оқу жылына бекітілген жоспар негізінде ұйымдастырады. Ғылыми кеңестің отырыстары бекітілген регламентке сәйкес айына кемінде бір рет өткізіледі.